Quy định về thuế GTGT với hàng hóa nông sản xuất khẩu

Thuế giá trị gia tăng (GTGT), hay còn gọi là VAT (Value Added Tax), là một loại thuế gián thu quan trọng trong hệ thống thuế Việt Nam. Đây là thuế đánh vào phần giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ trong quá trình sản xuất, lưu thông và tiêu dùng.

Tại Việt Nam, thuế GTGT được quy định bởi Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12, đã qua nhiều lần sửa đổi, bổ sung, và mới nhất là các quy định có hiệu lực từ năm 2026 theo Luật sửa đổi năm 2025 cùng các Nghị định hướng dẫn như Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Nghị định 359/2025/NĐ-CP.

Đối với lĩnh vực nông nghiệp, đặc biệt là hàng hóa nông sản xuất khẩu, chính sách thuế GTGT luôn nhận được sự quan tâm lớn vì nông nghiệp là ngành kinh tế mũi nhọn của Việt Nam. Xuất khẩu nông sản mang lại hàng chục tỷ USD mỗi năm, góp phần quan trọng vào cán cân thương mại.

Tuy nhiên, các quy định về thuế GTGT từng gây không ít vướng mắc cho doanh nghiệp, đặc biệt ở khâu hoàn thuế và khấu trừ thuế đầu vào. Từ ngày 01/01/2026, nhiều thay đổi tích cực đã được áp dụng nhằm tháo gỡ “điểm nghẽn”, hỗ trợ doanh nghiệp xuất khẩu nông sản cạnh tranh tốt hơn trên thị trường quốc tế.

>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử trong cung cấp dịch vụ được quy định thế nào?

1. Đặc điểm chung của thuế GTGT với hàng hóa xuất khẩu

Theo quy định tại Điều 9 Luật Thuế GTGT, thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Cụ thể, hàng hóa xuất khẩu bao gồm hàng hóa bán cho tổ chức, cá nhân nước ngoài và tiêu dùng ngoài Việt Nam, hoặc bán vào khu phi thuế quan.

Thuế suất 0% không có nghĩa là không chịu thuế, mà doanh nghiệp vẫn được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào, và nếu thuế đầu vào lớn hơn đầu ra (là 0), doanh nghiệp được hoàn thuế. Đây là cơ chế khuyến khích xuất khẩu, giúp hàng hóa Việt Nam có giá cạnh tranh hơn bằng cách loại bỏ gánh nặng thuế tích lũy.

Đối với hàng nông sản xuất khẩu, dù là sản phẩm chưa chế biến (như gạo, cà phê hạt, thủy sản tươi sống) hay đã qua chế biến (như cà phê rang xay, tôm đông lạnh), đều có thể áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng điều kiện xuất khẩu chính ngạch, có hợp đồng ngoại thương, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và tờ khai hải quan.

>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.

2. Quy định cụ thể về nông sản chưa chế biến hoặc sơ chế từ năm 2026

Một trong những thay đổi quan trọng nhất từ ngày 01/01/2026 là đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường (như làm sạch, phơi khô, sấy khô, bóc vỏ, cắt(slice), đông lạnh, bảo quản). Theo Nghị định 359/2025/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 181/2025/NĐ-CP, các sản phẩm này thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Cụ thể:

• Không phải kê khai, nộp thuế GTGT ở khâu đầu ra khi bán trong nước hoặc xuất khẩu.
• Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào (như phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, giống, nhiên liệu… chịu thuế 5% hoặc 10%).
• Nếu có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết, doanh nghiệp được hoàn thuế theo quy định.

Quy định này giải quyết triệt để vướng mắc trước đây. Từ năm 2013 đến 2024, nông sản chưa chế biến thường chịu thuế 5% ở khâu nội địa, nhưng khi xuất khẩu áp 0%, dẫn đến doanh nghiệp phải xuất hóa đơn 5% khi mua từ nông dân hoặc hợp tác xã, gây khó khăn trong hoàn thuế (phải chứng minh tỷ lệ xuất khẩu cao). Nhiều doanh nghiệp bị “nghẽn” hàng nghìn tỷ đồng thuế chờ hoàn, ảnh hưởng đến dòng vốn lưu động.

Từ 2026, việc chuyển sang “không chịu thuế” giúp đơn giản hóa thủ tục: Doanh nghiệp mua nông sản từ nông dân không cần hóa đơn GTGT, chỉ cần chứng từ thanh toán; khi xuất khẩu, áp 0% một cách tự nhiên mà không lo tranh chấp về sơ chế hay chế biến.

>> Tham khảo: Bỏ thuế khoán, VCCI đề xuất mốc 3 tỷ đồng khi áp dụng hóa đơn điện tử.

3. Lợi ích của chính sách mới đối với doanh nghiệp xuất khẩu nông sản

Chính sách mới mang lại nhiều lợi ích thiết thực:

• Giảm chi phí và tăng cạnh tranh: Doanh nghiệp được khấu trừ/hoàn thuế đầu vào đầy đủ, giúp giảm giá thành sản phẩm xuất khẩu. Ví dụ, một doanh nghiệp xuất khẩu gạo mua lúa từ nông dân với giá trị đầu vào chịu thuế 5%, nay được khấu trừ toàn bộ mà không phải nộp đầu ra.
• Đơn giản hóa thủ tục hành chính: Không phải kê khai nộp thuế ở khâu nội địa đối với nông sản chưa chế biến, giảm hồ sơ, tránh tranh chấp với cơ quan thuế về định nghĩa “sơ chế thông thường”.
• Khai thông vốn: Trước đây, nhiều doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản, cà phê, hạt điều bị chậm hoàn thuế do quy định nghiêm ngặt. Nay, với cơ chế hoàn thuế thống nhất theo Luật Quản lý thuế, thời gian hoàn nhanh hơn, giảm rủi ro.
• Khuyến khích đầu tư vào nông nghiệp: Doanh nghiệp lớn dễ dàng liên kết với nông dân, hợp tác xã mà không lo gánh nặng thuế, thúc đẩy chuỗi giá trị nông sản bền vững.

Theo các chuyên gia, thay đổi này có thể giúp xuất khẩu nông sản Việt Nam phá kỷ lục, hướng tới mục tiêu 70-80 tỷ USD trong những năm tới.

>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.

Ví Dụ Minh Họa Cách Tính Thuế GTGT Với Nông Sản Xuất Khẩu:

Giả sử một doanh nghiệp xuất khẩu cà phê hạt:

• Mua cà phê nhân từ nông dân: 1 tỷ đồng (chưa chế biến, không chịu GTGT từ 2026).
• Chi phí đầu vào khác (vận chuyển, bao bì, điện nước…): 200 triệu đồng, thuế GTGT đầu vào 20 triệu đồng (10%).
• Bán xuất khẩu: 1,5 tỷ đồng (áp thuế suất 0%).

Cách tính:

• Thuế đầu ra: 0 đồng.
• Thuế đầu vào được khấu trừ: 20 triệu đồng.
• Số thuế được hoàn: 20 triệu đồng.

Nếu là nông sản qua chế biến sâu (như cà phê hòa tan), vẫn áp 0% xuất khẩu, nhưng khâu chế biến nội địa có thể chịu 10% (hoặc 8% tạm thời đến hết 2026 theo Nghị định 174/2025/NĐ-CP).

>> Tham khảo: Từ 7/8/2025: Triển khai thêm 4 hình thức nộp thuế điện tử cho hoạt động xuất nhập khẩu.

Kết luận

Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:

CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN

• Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
• Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
• Tel : 024.37545222
• Fax: 024.37545223
• Website: https://einvoice.vn/